Первый способ: сохранить запросы в файл и импортировать этот файл через командную строку.
mysql -u user database < /home/username/mysqldump.sql
Второй способ: можно сократить количество запросов немного поменяв логику построения запроса. Вместо
UPDATE `products` SET `status` = 1 WHERE `product_id` = 1;
UPDATE `products` SET `status` = 1 WHERE `product_id` = 2;
--
UPDATE `products` SET `status` = 1 WHERE `product_id` = 1000;
можно писать так:
UPDATE `products` SET `status` = 1 WHERE `product_id` IN (1, 2, 3, 4, 5);
UPDATE `products` SET `status` = 2 WHERE `product_id` IN (6, 7, 8, 9);
Update: оу... я так медленно пишу. Когда начинал писать, ни одного ответа ещё не было. ))