Это следствие разных алгоритмов обработки суб-пиксельных вычислений т.к. браузерам всё равно в конечном итоге приходится рисовать страницу на экране, состоящем из пикселей. В случае hi dpi экранов, где за один логический пиксель отвечает несколько физических задача решается проще, но для экранов с dppx=1 приходится делать выбор и вот этот выбор делается по-разному.
На больших контейнерах это незаметно, а для маленьких - да, есть шанс того что элемент будет выглядеть "криво". Какого-то универсального решения здесь, судя по всему, нет, остаётся только подгонять, добавляя отступы в 1px туда или сюда для разных браузеров. Для того чтобы добавить CSS код только для какого-то конкретного браузера можно воспользоваться, к примеру, информацией с
browserhacks, хотя, конечно, тут надо быть осмотрительным.