Chroot. Останется, понятное дело, вероятность того, что вы пожрете все вычислительные ресурсы неаккуратными действиями. Решить эту проблему можно уже при помощи cgroups, например.
Я про debian писал, но в centos всё тоже самое есть.
Само собой, что внутри chroot нельзя будет использовать те же порты, что и на основном сервере (т.е. второй mysql нужно запускать со skip-networking или вешать на нестандартный порт, веб-серверы все запускать на разных портах, nginx на 80м настраивать так, чтобы он "знал" про все ваши проекты). Типичная схема, которой я в этом случае пользуюсь - nginx в основой системе на 80м + несколько апачей (с разными версиями php) в чрутах. Из основной системы есть доступ к файлам чрутов (соответственно, nginx-ом я могу раздавать статику из всех чрутов).
