Есть рыночные ставки на типовые работы, есть рыночные ставки на час работы фрилансера, есть особенности технологии реализации влияющие на стоимость. Отсюда на основании проекта системы можно посчитать общую стоимость. Общая рекомендация умножить полученный результат на коэффициент (все по разному берут в среднем 1,5...2).
p.s. темы с изменениями в требованиях и недостатком данных на входе это отдельная песня.