Melkij

Технически, это будет функциональный индекс, но запросто

create index on tablename using btree((jsonb->ts)::timestamp);

Чтобы он использовался, вам нужно будет и в запросе осуществлять приведение к таймштампу.

По вашей функции doSomethinkWithItem очевидно, что аргумент $item является объектом.
Объекты передаются всегда по ссылке. Для создания копии объекта - есть оператор clone

Отчёт программы от производителя - основание для гарантийного обращения. Помнится, SeaTools называется.

Любой имеющийся bad-блок, нарушающий работу диска (например, сектор никак не читается, таймаут истекает, или же считывается не то, что было записано), т.е. remap диском выполнен не был - да, основание для гарантийного обращения. СЦ при этом может выполнить remap и вернуть диск обратно как есть.
Показатели SMART - нет, не являются. Будут являться гарантийными только если так решит официальный софт или документация от производителя.

Соберите допустимые hashtags_mid.hash в массив и скормите его в один IN
Если не изменяет память,

->where(['show'=>1, 'hashtags_mid.hash' => ['yii', 'три']])

Сгенерирует верный запрос.

Удалить все users с lastvisit NULL и create_time больше 3 суток назад?
Ну и зачем так сложно?

delete from users where lastvisit IS NULL and create_time < now() - interval '3 day'

Ваш BIOS при старте помимо прочего опрашивает диски на предмет самочувствия по SMART'у.
Результатом ответа диска WD1600BEVS BIOS остался недоволен, посчитал статус критичным, о чём и сказано в ошибке. Повезло, диски чаще просто тихо помирают, а не предупреждают.

Дальше надо смотреть собственно отчёт SMART, проверять актуальность бекапов, и, скорей всего, искать новый диск на замену.

1) распаян SATA - все 3 версии интерфейса физически идентичны. Какой версии интерфейс обеспечивается контроллером - вопрос к контроллеру. Но не припоминаю чипсетов, которые давали бы лишь один порт более старшего стандарта, а остальные - младшего. Обычно хотя бы парами ставят. Ну и очень сомневаюсь, что ваша машинка настолько древняя, чтобы иметь лишь SATA I для DVD, это железке как минимум 10 лет уже должно быть.
2) не факт. Вопрос к контроллеру. Там может быть SATA III с хост интерфейса, ограниченный диском до SATA II
3) говнецо, но смотрите по бюджету. После 5400rpm диска любой SSD будет несоизмеримым прорывом.
4) да, уточните только высоту вашего DVD-привода (в отзывах к товару напоминают)

По версии стандарта SATA не заморачивайтесь. Играет роль только для линейных скоростей, как, например, скопировать 10гб архив или образ диска какого. Для системного диска линейные скорости нужны куда реже, а на случайном доступе упереться даже в 150мб/с стандарта SATA I - удел редких топовых дисков.

Ваш пример сортировки не совпадает с описанным "сначало по статусу, а потом каждую группу по дате.". Строки 2 и 6.

id--------name-----date----status
1---------Ivan-----25.01-----1
3---------Artem-----25.03-----1
4---------Sasha-----25.04-----1
6---------Gena-----25.06-----1
2---------Sergei-----25.02-----2
5---------Aleksei-----25.05-----2

Вот так - order by status, date
ASC и DESC исторически путаю, может быть order by status desc, date desc или что-то среднее между ними.
Ну и если дата хранится именно вот так, а не внятным date, то могут разные странности сортировки как строки, а не якобы даты.

0) выясните, как запускать плейбук с extra-vars параметрами в несколько слов
1) выясните, как корректно сформировать такой вызов со стороны php
2) ...
3) profit!

Хинт: ещё кавычки плюс escapeshellarg, escapeshellcmd

локальная версия сайта нуждается в предварительных правках кода

Исправьте это, а не изобретайте странные костыли с редактированием истории коммитов.

Порядок условий в запросе значения не имеет. mysql тупой, но, к счастью, не до такой степени.

По второму вопросу: на усмотрение планировщика. index merge mysql умеет, но это может быть дороже поиска по одному индексу и дальнейшей фильтрации.

Более одного первичного ключа быть не может.
Вообще никак не может.
Первичный ключ может быть только один.

Но первичный ключ может быть составным.
Судя по характерному php E_NOTICE, в zend fw составной первичный ключ указывается каким-то другим способом, потому что код пытается привести $_primary к строке и за это получает E_NOTICE.