Melkij

Спасибо, конечно, что не md5, но используйте нативный password_hash.
Что за дичь идёт в следующих 5 строках после $stmt->execute?
application/json в заголовке совершенно не вяжется с остальным кодом.

Какой-то хренью на заявленные 370вт пытаться запитать GTX 970 (145вт по паспорту), FX-8320 (125вт по паспорту) и остальную мелочёвку?
Рисковый вы человек.

Как насчёт формировать json не через одно место, а штатными функциями? json_encode

https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/too-many-c...

If you get a Too many connections error when you try to connect to the mysqld server, this means that all available connections are in use by other clients.

"Too many connections" является следствием превышения директивы max connections
Количество сайтов, серверов или других клиентов базы с этим никак не связано. Хотя помогает быстрее в этот лимит упереться.

А зачем вам вообще понадобился include_once? Да ещё так часто, что захотелось использовать невнятное имя функции?
Во вьюхах once не используется, для загрузки классов - autoload, и затем, autoload composer'а вовсе исключили необходимость в написании include. Загрузка объявлений функций? Ну, ок, для функций автозагрузки действительно нет. Почему тога вы не можете использовать короткую функцию, которую привели в вопросе?

Составной индекс должен быть именно age_country, а не наоборот.

Как раз наоборот.

mysql обычно использует подвид btree. У btree поиск левосторонний, т.е. по индексу age & country можно обрабатывать запросы по age. А по индексу country & age искать только age уже нельзя.

И какова разница между индексом age_country и отдельно двумя индексами для age и для country?

Вы ищете пользователей некоторой страны с возрастом от 25 лет.
Перед вами справочники:
0) пользователи отсортированы по возрасту (в пределах одного возраста - вперемешку) - вам достаточно пролистать до начала 25 лет, а дальше вчитываться в каждого пользователя и искать нужную страну. Справочник вам не поможет в этом. Индекс age
1) пользователи отсортированы по стране. Вы быстро находите всех из нужной страны, а затем вчитываетесь в каждого пользователя и смотрите возраст. Индекс country
2) пользователи отсортированы сначала по возрасту, в пределах одного возраста дополнительно отсортированы по стране. Быстренько листаете до 25 лет, в пределах каждого возраста листаете до нужной страны. Как-то не очень удобно? age & country
3) пользователи отсортированы по стране, пользователи одной страны отсортированы вдобавок по возрасту. Быстренько листаете до нужной страны, быстренько пропускаете всех младше 25 лет - читаете остаток, поглядывая только, что страна не изменилась. country & age

Какой справочник захотите использовать?
А если я скажу, что в справочнике помимо сортировки других данных пользователя нет? И чтобы по индексу country уточнить возраст пользователя вам необходимо посмотреть id человека и сходить за остальными данными в картотеку?

Вы можете взять справочник по стране, переписать все id людей, затем взять справочник по возрасту, и поискать в диапазоне от 25 лет записанные id людей. Потратите много сил на сравнение, не так ли? Вот и mysql умеет index intersect, но операция эта не бесплатная.

with vertex_cost as (
select fid_id, sum(vertex_cost) as vertex_cost /*min, max аналогично*/ from vertex group by fid_id
),
edge_cost as (
select fid_id, sum(edge_cost) as edge_cost /*min, max*/ from edge group by fid_id
)
select id, name, vertex_cost, edge_cost
    from fig
    left join vertex_cost vc on fig.id=vc.fig_id
    left join edge_cost ec on fig.id=ec.fig_id

Если у фигур косты есть всегда - то заменить left join на join. Сейчас фигура будет возвращена всегда, но с NULL.

Если надо предварительно пофильтровать сами фигуры:

with figures as (
select id, name from figures where name like 'foo%'
),
vertex_cost as (
select fid_id, sum(vertex_cost) as vertex_cost /*min, max*/ from vertex where fig_id in (select id from figures) group by fid_id
),
edge_cost as (
select fid_id, sum(edge_cost) as edge_cost /*min, max*/ from edge where fig_id in (select id from figures) group by fid_id
)
select id, name, vertex_cost, edge_cost
    from figures
    left join vertex_cost vc on figures.id=vc.fig_id
    left join edge_cost ec on figures.id=ec.fig_id

Какие файловые системы-то на разделах в действительности? Или, может там LVM или ещё чего интересно?

Почти наверняка у вас стоит пакет os-prober. Он вызывается при update-grub и ищет по всем блочным устройствам загрузчики других операционных систем. Для этого дёргает драйвера разных файловых систем, а те, в свою очередь, жалуются в dmesg, что не видят на этом разделе такой файловой системы.