Макс

при паралельном подключении у Вас будут разные токи на Малине и на драйвере двигателя. Вот если Вы попытаетесь запитать движки через RPi, то ток пойдет через RPi, что нехорошо.
Другой вопрос, хватит ли тока от аккумуляторов, чтобы не просаживать RPi при движении.

для начала совет - забейте на 3G. задержки будут очень бодрые. Даже через Wifi все будет не быстро. Хотя если вас устроить совсем не FPV - то за милую душу.
MultiWii - это уже ардуина. Вернее, микроконтроллер там тот-же, что и на Ардуине. Так что просто возьмите прошивку, и поправьте ее. И туда сможете писать, и оттуда забирать телеметрию.

Если по-серьезному, то я бы взял такой БП. 20А на 10 Pi2 хватит, если без обилия переферии. Для Pi3 потребление умножайте на полтора.

совет - в следующий раз подключите телевизор\монитор и посмотрите, что за ошибка возникает. У меня в аналогичном случае откровенно ругалось на ФС. ну а там уж разбрайтей. может карта дурит. может выключаете плохо.

распознавание голоса на ардуино? врядли.
да и на малине - я сильно сомневаюсь. Другое дело, что на малине можно этот поток отдать в облако и получить уже текст.

на самом деле все несложно.
есть каталоги /etc/rc.x, где х - уровни исполнения. Если мне не изменяет мой склероз, то гуйня стартует автоматом на 5-ом. в каталоге куча симлинков на стартовые скрипты всякого разного. симлинки начинаются с S(стартовые) или K(kill - останавливающие) и номера. Старт - в соответствии с номерами запускаются скрипты с S. При выключении - с K. Хотите - пихайте свой скрипт в /etc/init.d и делайте симлинк на него из /etc/rc.5 .
Если мы говорим именно о файрволе (правило для iptables?) то классически есть что-то типа скрипта firewall_save, который сохраняет Ваш текущий набор правил и применяет их при старте.
ну и на последок - самый простой вариант. /etc/rc.local пишите в самый конец свои команды. этот скрипт выполняется в самом конце запуска

3G?