Для начала надо определиться, о каком инструменте речь.
Есть три вида инструментов
1.
DBAL - просто класс для выполнения запросов. PDO практически на 90% покрывает задачи такого класса.
Запросы пишутся вида
$user = $db->prepared_query("SELECT * FROM users WHERE id = ?", [$id])->fetch();
2.
Query builder - построитель запросов.
$user = $db->select('*')->from('users')->where('id', $id);
3.
ORM - запросы скрыты внутри, мы пишем только штуки типа $user = User::load($id);
Максимально гибким, разумеется, является первый.