Недавно решал аналогичную задачу. Переход с ATX на mATX или mini-ITX.
1. Железо. Если по-максимальному использовать старое железо, то упираемся в тот факт, что старую мать и корпус необходимо продать. Тут 2 вектора, если продавать по отдельности, то как правило это долго, нудно, дешево, а если продавать старый ПК и покупать новый, то необходимо доплачивать разницу между старым и новым конфигом.
2. Корпуса. Мне понравились удобством, емкостью и практичность корпуса от Fractal, а именно
Node 304 - mini-ITX до 6 HDD 2,5"/3,5"
Node 804 - mATX до 12 HDD, из них до 12 2,5" или до 10 3,5"
В обоих случаях максимальное кол-во дисков вмещается при условии отказа (Node 304) от использования (второй Node 804) дискретной видеокарты.
3. Тихий корпус - это тихие, но мощные куллеры. Не вижу смысла тут экономить.
4. В моем случае температура хардов 35-42 градуса по цельсию при резерве по оборотам куллеров.
5. Если жестких станет больше потребуется покупать рейд-контроллер. Это влечет за собой как плюсы, так и минусы.
6. Что касается WiFi - несмотря на появившийся стандарт AС связка сетевая карта + кабель работает шустрее, здесь реально самым слабым звеном по скорости выступают HDD, особенно если они SATA 1.
Стоит ли делать замену? ПК это лишь инструмент. Гвоздь забивают молотком, а не скальпелем, по своим задачам подбирайте систему, но в то же время чем лучше специалист, тем более лучший у него должен быть инструмент, что бы он рос и прогрессировал.
Я продал свой старый игровой ПК на i7 4790k\32Gb\gtx980 4Gb и взял аналогичный, но уже на базе i7 6700k, для игр и виртуализации. В моем случае новый (на базе Node 804) мне обошелся в 2 раза дороже чем я продал старый ПК. Без дискретной видеокарты (в мае выходит паскаль от NVidia)