У меня та же история, но с LSI 9211-8i. Я сделал радикальнее - пробросил в виртуалку порт с физическим контроллером. А другие диски, которые подключаю к виртуалкам по одному - я пробросил по гайду @SignFinder
Проброс pci-express описан здесь:
https://pve.proxmox.com/wiki/Pci_passthrough
все действия такие же как при пробросе видеокарты, но в файле конфиге настроек ВМ просто потом прописываешь что-то вроде:
hostpci0: 02:00
и все.
ЗЫ. Если пробросить устройство таким образом, то оно пропадает из доступа для хоста и за управление им отвечает виртуалка до тех пор пока хост не перезагрузят и не запустят ее вновь