Для начала замените везде $jsonData[$i] на переменную $jsonData_i
$jsonData_i = $jsonData[$i] в начале цикла.
Вместо блока кода с $jsonData[$i]['services'][$cnt] сделайте одну строчку
$services[$cnt] = [
'id' => $objService->id,
'name' => $objService->name,
'favorite' => $objService->favorite,
'main_category' => $objService->mainCategory,
'tags' => $objService->tags,
'can_read' => $objService->canRead,
'can_edit' => $objService->canEdit,
'can_order' => $objService->canOrder
];
И после цикла
$jsonData_i['services'] = $services;
Это немного ускорит цикл, но по хорошему нужно прогнать код через profiler, он скажет где именно затыки.
Возможно много времени теряется в функции in_array(), в этом случае additionalCategories нужно сделать ассоциативным массивом.
Просто for цикл вместо foreach тоже должен быть чуть быстрее.
