Kerman

Предыдущий совет был явно вредный. Для разбора полей существует SHOW COLUMNS FROM `table`. Но отчасти и правильный, т.к. для вывода информации о столбцах генерировать php код не нужно. Можно сгенерировать сразу HTML, но PHP и так предназначен для генерации страниц на лету.

Две таблицы в этом случае не нужны. Совершенно никому не нужный, бессмысленный и беспощадный оверинжиниринг. Только замучаетесь LEFT JOIN делать с поводом и без, и поддерживать целостность такой связки.
Оптимизировать нужно в первую очередь так, чтобы проще было работать. И уж только потом, когда это работает, и в случае, если это тормозит, тогда и только тогда оптимизировать быстродействие.
Да и если в таблице всего 40к записей, то это тормозить не будет (разве что если Вы на калькуляторе запускаете базу) и небольшие проблемы с производительностью решатся грамотной расстановкой индексов в таблице.

1. Поможет. InnoDB при Update блокирует запись, а не таблицу целиком, как MyISAM. Alter Table будет пересоздавать таблицу, так что это будет обрабатываться долго.
2. В другую таблицу вынести можно. И ночью делать INSERT INTO Archive SELECT * FROM Dayly; DELETE FROM Dayly;
Но это не поможет без смены движка.

Primary key нужно повесить на ОБЕ колонки. Заодно это не даст возможности одному юзеру дважды подписаться на другого. Отдельный id для этой таблицы не нужен. Два индекса тоже не нужны.

Если хочется изучать линукс, то это самое лучшее решение. Правда есть шанс потерять работу.
Если уж хочется виртуализации, то нужно ставить Hyper-V - он бесплатный. А под ним уж хоть винду, хоть FreeBSD разворачивать.
Для 1С лучше всего ставить винду. Ибо это кривое поделие работает ещё кривей под линуксом. Под видеонаблюдение берите ось, под которую расчитано ПО производителя. Под файлопомойку тоже лучше винда, если нет очень специфичных задач, вроде ежедневного бэкапа снэпшотами.
А по сути, здесь не нужен ни линукс, ни виртуализация. Всё делается на одной семёрке. Уж на одну лицензию семёрки у руководства есть деньги? Но это, правда, не так интересно для сисадмина.

Я бы для каждого раздела создавал свою табличку. Так проще потом информацию вносить.
А для того, чтобы выбирать на главную новости можно создать VIEW, которая объединяет все объекты из всех таблиц в одну с помощью UNION.

Если точнее, для сводной таблицы можно вынести только несколько параметров:
ID объекта, раздел, дата (чтобы сортировать). После выборки для показа на главной уже можно запросить нужные поля из профильной таблицы.

Если цель такого поступка - оградить себя от прерываний внешнего мира, то лучше электронной почты ещё ничего не придумали. Главное - выключить все уведомления о приходящих письмах на мобильных устройствах.

Если нужно лишить себя возможности отвечать, то тут сложнее.