Рекомендую забрать через лайв-сиди все нужные конфиги и ставить начисто 12.04. Я один раз, кажется, 10.04 свежеустановленную обновлял и едва-едва задел, скорее коснулся SATA кабеля в открытом корпусе. Всё, машина ушла в ребут во время обновления и запускаться отказалась. В итоге переставил.
А можно узнать, если не секрет, что за софт, который не запустится на х64? Вы уверены, что не запустится? х64 винда спокойно запускает х32 версии программ, если сборка х64 не существует в природе (или не требуется). За редким исключением, правда.
Ну, если бюджет достаточный, то я бы посоветовал следующую комплектацию: Zalman zm-ve200 + Seagate 2.5" 7200 rpm 500 GB. Не смотря на то, что он USB2.0, имеет eSATA.
Вот исчерпывающий обзор бокса.
