Иван Чернышев

сразу что в глаза бросилось
контейнер nextcloud и контейнер db находятся в разных сетях , точнее в контейнере nextcloud вы просто не добавили сеть. Конструкция links является устаревшей, используете общие сети , не забудьте их описать как описали volumes и все будет хорошо

Иван Чернышев, есть подозрение, что вы где-то делаете db.close() раньше, чем завершена операция.

Это как работает пул https://mongodb.github.io/node-mongodb-native/core...

После чтения исходников https://github.com/mongodb-js/mongodb-core/blob/ma... можно понять, что пул разрушается, когда заканчиваются сокеты или наступает лимит попыток пересоединений.

Mongoose достаточно старый, они фиксили там ошибки. Попробуйте его обновить.

Еще включите отладку в монгусе.
mongoose.set('debug', true)

каждая лягушка хвалит свое болото, по мне так Scala перспективнее, рабочего применения уже вагон и маленькая тележка во всевозможных направлениях.
scala можно изучать без знания java, как абсолютно самостоятельный язык.

Но все же первый вопрос мне не понятен, почему нельзя объявить переменную внутри цикла, и присваивать ей значения массива

Ну почему нельзя

for(let i = 0; i < 10; i++) {
  var summary = summary || 0;
  summary += i;
}
console.log(summary);

Область видимости var - текущая функция. var можно объявлять сколько угодно, он все равно поднимается вверх функции и срабатывает только один раз, см. var hoisting
Область видимости let - текущий блок. Если делать let внутри цикла, то будет новая summary на каждую итерацию цикла, т.к. на каждую итерацию считай создается отдельный блок.

Можно обернуть вызов xhr в Promise:

function promiseWrapper(url) {
  return new Promise(resolve => {
    const xhr = new XMLHttpRequest();
    xhr.open('GET', url);
    xhr.send();
    xhr.onload = () => {
      resolve(xhr.response);
    };
  });
}

вызвать последовательно:

async function getData() {
  const [res1] = await promiseWrapper(url1);
  const [res2] = await promiseWrapper(url2);

  return res1 + res2;
}

и уповать на сборщик мусора.

javascript выполняется на клиенте, а php на сервере.

чтобы какое-либо значение с сервера на клиенте есть два варианта:

1) сгенерировать js код, со значением, которое будет отправлено клиенту
условный template.php

<script type="text/javascript">
var asdasd = <?php echo $variable; ?>;
</script>

2) послать на сервер запрос с просьбой дать значение (ajax)

Запускаете nodejs приложения на разных портах, а перед ними на 80м порту ставите nginx, который уже будет в зависимости от домена определять в какое-из приложений отправить запрос.