Если у вас бесплатная популярная CMS типа WordPress с кучей установленных плагинов скачанных с инета, то сколько бы вы не удаляли файлики все равно они будут как то появляться. Нужно сначала решить откуда он взялся. Ну и конечно же удалить то что нашли. Также на всякий случай изменить пароли и глянуть какие там права стоят на ваши папки и имеет ли кто либо возможность записи в ваши папки из рядом расположенных юзеров. У дешевых хостингов или при неправильном построении предоставления услуг, любой пользователь может записать куда угодно. Советую переехать на
hostwell.net/ua/hosting-base там все пользователи полностью изолированы между собой за счет предоставления каждому персональной файловой системы.