Файловая система располагает файлы так, как ей удобно. Последовательно, если есть место на вмещение файла целиком, а если не помещается или помещается файл в пустую "дырку" образованную перед этим, то туда, в добавок может частично поместиться файл в одном месте и в другом. Иначе диск забивался бы очень быстро. Буквально за один день. Так что фрагментация не избежна. Если по какой-то причине нужно чтоб файлы были последовательно (что нужно только для скорости доступа к ним), то после копирования проводи дефрагментацию.