1. Ты чистил не процессор, а системный блок. Процессор - это маленькая часть системного блока, которая скрывается под радиатором. Запомни это.
2. Если, как ты говоришь, у тебя при загрузке с HDD надпись "установите виндовс или восстановите", то это как бы плохо. Это значит, что у тебя на HDD тоже стоит ОС. Лишняя ОС, которая уже в не рабочем состоянии. Её нужно удалить. Если бы её не было, проблем с загрузкой не было бы тоже.
3. Скорее всего, ты косячишь в том, что не понимаешь, что делаешь. Скорее всего, ты выбираешь не порядок загрузки, а выбираешь конкретный вариант загрузки каждый раз, вместо того, чтобы зайти в биос и организовать нужный порядок. Он устанавливается по-разному на разных версиях биос. Так что, ищи гайды для своего биоса на тему установки порядка загрузки. Если настройки сбрасываются, значит проверяй CMOS (батарейку).
А к какому порту на матери подключен диск - не важно, если порядок загрузки ты задаешь в биос.
Мало думать, нужно, прежде чем эффективно думать - что-то знать.