если оперативная память позволяет - делайте по максимуму, хоть все.
у меня есть в одном проекте похожая задача, делаю batchInsert по 1000 объектов, чтобы не слишком загружать оперативку сервера.
гружу из большого обменно файла, как-то так:
while (($line = fgets($handle)) !== false) {
$objects[] = json_decode($line);
//Для ускорения грузим пачками, по сколько влезает в оперативку(кол-во объектов настраивается в конфиге)
if ($count === Yii::$app->objects->insertBatchCount) {
Yii::$app->mongodb->createCommand()->batchInsert('objects', $objects);
$count = 0;
$objects = [];
}
$count++;
}