.header__inner{
display: flex;
width: 100%;
padding: 0 20px;
justify-content: center;
}
.nav{
width: 1290px;
padding-top: 45px;
height: 100px;
}
У тебя
nav с шириной в 1290px, а в
.header-inner контент позиционируется по центру, по этому при изменении ширины экрана на меньший размер чем задан у
.nav, он остается по центру но не уменьшается, из-за чего с заданным
justify-content: space-between, у тебя лого и бургер позиционируются по краям блока.
Задай
.nav максимальную ширину 1290px и сделай ширину на 100%.