GavriKos

Есть парк из пары десятков разных девайсов. Ни на одном нет проблем. И на ксайоми тоже.

Что значит "не видит"? В настройках можно указать путь к любой папке - вы это делали?

У вас дваждый включены unity ads в проект.
Либо вы зачем то вручную две версии закинули, либо (вроде такая опция есть) вы закнули одну версию, а вторую закинула юнити. Где то в настройках ads естб галочка "импортировать автоматом" - вот снимите ее. Или удалите свою версию ads,

который легче в освоении чем android studio

Это еще почему?

Безотносительно того, что одно - это IDE, а второе - движок - ответ простой - потому что для соотвтетсвующих задач есть соответствующие инструменты.
А по факту - даже разрабатывая что угодно в юнити - вам нужно иметь представление как и что происходит в экосистеме андроида.

Clean project - удаляет временные файлы предыдущего билда.
Rebuild - сбилдит проект полностью с нуля (аналогично Clean и потом Build).

Для пояснения - во время билда создаются всякие промежуточные файлы для каждой единицы компиляции. Если с момента предыдущего билда какая то единица не поменялась (под единицей можно условно иметь ввиду класс) - то будут использованы временные файлы с прошлого раза для ускорения.

Вы бы привели последовательность своих действий, что ли. И что за ключ вам нужно устновить - тоже интересно. Потому что если обычную подпись - то это и юнити умеет.

Там есть (по крайней мере было) два варианта закрытия - со снапшотом (чтобы быстрее потом открыть его) и без. Вот скорее всего у вас снимается снапшот - т.е. вся память эмулятора дампится на диск.
Поищите в настройках, это отключаемо.

Ну очевидно же что заливать локальные настройки в общее хранилище не стоит.
Тут есть два варианта:
1) Удалить все настроечные файлы с ядиска и сделать так чтобы синхронизировалось только то, что действительно общее. Тут могут помочь символьные ссылки на каталоги (гугл в помощь)
2) Не использовать ядиск, а использовать нормальный механизм синхронизации с возможностью игнорирования части файлов. Например git, для которого полно всяких облачных решений типа github, bitbucket.

Не указан тип архитектуры в Android.mk - компилятор не знает под что вы билдите.
Как исправить - указать архитектуру. Параметр armeabi.