Полноценная установка на флешку это не самый оптимальный вариант. Лучше использовать LiveUSB c persistent режимом. Ядро обновить нельзя будет, но программы доустановить можно, а количество записей на флешку во время работы минимально.
Если всё же хотите продолжать работу с установленной системой, то следует её хорошенько подтюнить в сторону уменьшения операций записи, так как именно они существенно тормозят i/o и ускоряют износ флешки. Следует, например, отключить своп, ведение логов, журналирование файловой системы, кэширование веб-контента браузером и т.п.
Так же можно подумать над использованием flashybrid.
