В заголовке один вопрос, а в описании другой. Что вам в итоге надо? Расширение файла скрывать или сам файл скрывать? Если скрывать файл, то только руками в свойствах файла ставить галочку "Скрытый". Автоматически вы ничего не сделаете, поскольку система не понимает какие файлы скрывать ей автоматически, а какие нет.
В теории если вам надо скрывать файлы в какой то папке или вы знаете расширение, то можно написать скрипт на PowerShell который будет сканировать папку на файлы с заданным расширением и проставлять галочку "скрытый" в свойствах файла. Но опять-таки это только в теории.