В заголовке один вопрос, а в описании другой. Что вам в итоге надо? Расширение файла скрывать или сам файл скрывать? Если скрывать файл, то только руками в свойствах файла ставить галочку "Скрытый". Автоматически вы ничего не сделаете, поскольку система не понимает какие файлы скрывать ей автоматически, а какие нет.
В теории если вам надо скрывать файлы в какой то папке или вы знаете расширение, то можно написать скрипт на PowerShell который будет сканировать папку на файлы с заданным расширением и проставлять галочку "скрытый" в свойствах файла. Но опять-таки это только в теории.
Можно заставить Windows скрывать файлы определённого формата по умолчанию. Для этого нужно сделать следующее:
1. Открыть блокнот.
2. Ввести там следующее:
attrib +h C:\Users\*.qweasd /S
Вместо C:\Users нужно указать путь к папке в которой находят эти файлы которые нужно скрыть.
3. Сохранить его в формате .cmd
4. Зайти в "Планировщик заданий" в Windows. Для этого нужно "Панель управления>Администрирование>Планировщик заданий".
5. Там нужно создать новую задачу. Думаю сами справитесь.
Проверено на Windows 7.