1) встречаются «виртуальные модули», которые ничего не делают, кроме как тянут за собой пачку зависимостей. Но довольно редко встречается.
2) самый правильный способ упростить добавление модулей на однотипные машины — сборка пакетов в привычном для вашей системы формате. Для centos || fedora поищите гуглом perl2rpm, cpan2rpm. Соберете свой набор пакетов для модулей, которые отсутствуют в репозиториях.
2.1) На всякий случай добавлю, что пакеты с перловыми модулями обычно имеют имя типа perl-*.rpm, где вместо звездочки нужно подставить имя пакета с span. Например, нужен модуль, URI::Escape. Ищем на search.cpan.org, находим его в пакете «URI-1.55». Значит, пробуем поискать уже собранный пакет perl-URI, если не находим — собираем сами.
3. Еще раз повторюсь, используйте пакеты. Во-первых, будет проще отслеживать версии модулей и апгрейдить их при необходимости синхронно. Во-вторых, вы не столкнетесь с тем, что за время с последней установки модулей на cpan появились новые версии. Это может привести к довольно интересным эффектам. Например, Storable проверяет при распаковке данных, какой версией они были сериализованы, и при несовпадении пошлет довольно далеко.
Успехов!