Сергей Протько

Пока писал, Вы двигались в том же направлении =) .
Вот такой велосипед:

function array_merge_sorted($first, $second)
{
    $out = [];
    for (
        $f = 0, $s = 0,
        $firstLength = count($first),
        $secondLength = count($second);
        $f < $firstLength || $s < $secondLength;
    ) {
        if (!isset($first[$f])) {
            $out[] = $second[$s];
            ++$s;
        } elseif (!isset($second[$s])) {
            $out[] = $first[$f];
            ++$f;
        } elseif ($first[$f] > $second[$s]) {
            $out[] = $second[$s];
            ++$s;
        } else {
            $out[] = $first[$f];
            ++$f;
        }
    }
    return $out;
}

По времени: 1 проход по первому масиву + 1 проход по второму массиву.
По памяти: 1 размер первого массива + 1 размер второго массива, лишних аллокаций нет.

Как вариант можно делать дополнительный запрос к БД перед загрузкой файла, в котором проверять есть ли такой альбом и действительно ли он принадлежит данному юзеру - насколько правильно будет так сделать?

Только так и будет правильно. ВСЕГДА осуществляйте валидацию входящих данных на сервере.

нужно запускать функцию через событие, а в этом случае this === e.target

Категорически нет. При использовании addEventListener this ссылается на узел, в котором зарегистрирован обработчик.
Например, регистрируем так:

document.addEventListener('click', function (e) {
	console.log(e.target); // Где кликнули
	console.log(this); // Всегда document
}, false);

Как привязать объект активации (он же this) к строго определённому объекту (и даже не HTML-элементу)? Вам стоит почитать про bind (а также call и apply).

Итого примерно так:

document.addEventListener('click', deepThought.alertAnswer.bind(deepThought), false);