FanatPHP

По mysqli книг не пишут.
А то, что тебе нужно, называется Mysql. Это система управления базами данных. И учиться работать с ней лучше отдельно от РНР, поскольку в РНР будут даваться только примитивные примеры, и у тебя сложится впечатление, что больше ни на что БД не способна. Хотя на самом деле всю работу по обработке харнимых данных берет на себя БД, а роль РНР сводится только к тому, чтобы запросить данные, а потом вывести их.
В лабиринте книг по mysql нет. Самоучителей не знаю. Порекомендую Поля Дюбуа, две книги, одна из которых учебник, а вторая - сборник рецептов.

Если говорить об API доступа к БД из PHP, то по ним повторюсь, книг не пишут - нет смысла писать книгу про пару функций. Как новичку, тебе следует осваивать PDO, а не mysqli. Здесь: phpfaq.ru/pdo

"Работа с .htaccess" ни к РНР, ни к mysql никакого отношения не имеет. Это файл конфигурации устаревшего веб-сервера Apache. Специально изучать нет нужды - под любую из стандартных задач в интернете найдется овер 9000 готовых примеров.

Книги по РНР здесь уже столько раз спрашивали, что тебе сейчас должно быть чудовищно стыдно за то, что ты вообще этот вопрос задал.

phpfaq.ru/paginator

Я так понимаю, что речь о статических запросах вида
SELECT * FROM catalog WHERE parent=1

Такие запросы через prepare прогонять не обязательно.
НО, при этом очень желательно, чтобы запросы выполнялись через некое единое API, основанное на подготовленных выражениях, и программист внутри себя не ломал голову - использовать или нет. Использовать. Польза от такого решения на порядки перекрывает любые возможные плюсы других решений.

Пример:

$categories = $db->getAll("SELECT * FROM catalog WHERE parent=1");
$categories = $db->getAll("SELECT * FROM catalog WHERE parent=?i", $parent);

Как видим, при наличии единого API для выполнения запросов, у программиста не возникает ненужных вопросов.