Я так понимаю, что речь о статических запросах вида
SELECT * FROM catalog WHERE parent=1
Такие запросы через prepare прогонять не обязательно.
НО, при этом очень желательно, чтобы запросы выполнялись через некое единое API, основанное на подготовленных выражениях, и программист внутри себя не ломал голову - использовать или нет. Использовать. Польза от такого решения на порядки перекрывает любые возможные плюсы других решений.
Пример:
$categories = $db->getAll("SELECT * FROM catalog WHERE parent=1");
$categories = $db->getAll("SELECT * FROM catalog WHERE parent=?i", $parent);
Как видим, при наличии единого API для выполнения запросов, у программиста не возникает ненужных вопросов.