Как по мне, лучше все же решение с фабриками. Если классы RequestXX не тривиальные, то можно запросто получить серьезное дублирование кода в финальном исполняемом файле.
Конечно, эффект зависит от задачи и количества специализаций, но в любом случае это не есть хорошо.

А внутри фабрик можно уже плодить любые конструкции, которые хочется — их реализация-то скрыта.

«Обычно» при постановке подобной задачи ставится вопрос о достаточно больших значениях n, а также о нахождении не всех, а m наиболее часто встречающихся последовательностей (в примере результата ведь нету подстроки «Карл у Клары украл кораллы, а Клара у Карла украла кларне» (исходная минус один символ), которая встречается один раз).
Соотвественно, алгоритм с n^2 плохо себя поведет.

Два странных предложения:
1) Так как не описано, как потом получается выйти из этой ситуации (простой перезагрузкой?) то, возможно, дело в порядке загрузочных устройств — при нештатном выключении система пытается грузиться не с того винчестера (он один или больше?), или с какого-то сменного носителя (воткнутая флешка)
2) Еще более безумный вариант: у меня на шифрованном TrueCrypt диске показывается именно такое сообщение в качестве при запросе ввода пароля (полное сообщение Windows «NTLDR is missing or corrupted» просто не помещается в отведенное место). Может, стоит какая-то система шифрования, настроенная на автоматическое монтирование при наличии, например, ключа на флешке, а при нештатном выключении флешка с ключом не может примонтироваться?