Fahrenheit

Два странных предложения:
1) Так как не описано, как потом получается выйти из этой ситуации (простой перезагрузкой?) то, возможно, дело в порядке загрузочных устройств — при нештатном выключении система пытается грузиться не с того винчестера (он один или больше?), или с какого-то сменного носителя (воткнутая флешка)
2) Еще более безумный вариант: у меня на шифрованном TrueCrypt диске показывается именно такое сообщение в качестве при запросе ввода пароля (полное сообщение Windows «NTLDR is missing or corrupted» просто не помещается в отведенное место). Может, стоит какая-то система шифрования, настроенная на автоматическое монтирование при наличии, например, ключа на флешке, а при нештатном выключении флешка с ключом не может примонтироваться?

Property Sheets — это как раз и есть рекомендуемое решение, позволяет очень гибко кастомизировать параметры проектов (а благодаря возможности наследования получается минимальное дублирование настроек).
Они отлично работают и в VS10, и в VS2012