Drno

server {
        listen 80;
        server_name  newapp.mysite.ru;

        location /.well-known/acme-challenge/ {
                alias /path/to/.well-known/acme-challenge/;
                allow all;
                default_type "text/plain";
                try_files $uri =404;
        }


       location / {
            return 301 https://newapp.mysite.ru$request_uri;
       }
}

server {
        listen 443 ssl http2;
        server_name  newapp.mysite.ru;

        ssl_certificate /path/to/cert/fullchain.pem;
        ssl_certificate_key /path/to/cert/privkey.pem;

        location / {
                proxy_pass http://localhost:8080;
                proxy_set_header   Host $http_host;
                proxy_set_header   X-Real-IP $remote_addr;
                proxy_set_header   X-Forwarded-For $proxy_add_x_forwarded_for;
                proxy_set_header   X-Forwarded-Proto $scheme;
        }
}

даже если ты ему вписываешь порт 8080 (перекидывает на 443 порт)

Допустим - щас имеет сервис на 8080 порту. Оставить возможность зайти на него по mydomen.ru:8080 и sub.mydomen.ru

server {
    listen 8080;
    server_name mydomen.ru;
    location / {
        proxy_pass http://blablabla;
    }
}

server {
    listen 80;
    server_name sub.mydomen.ru;
    location / {
        proxy_pass http://blablabla;
    }
}

Простое удаление\добавление сервисов в конфиг прокси.