Drno

Что то придется переставлять, т.к. будет новая система. Если при установке Вы не будете трогать 2й диск, то с ним ничего не должно случится

Впринципе для надежности - можно банально отключить его на время установки, потом подключить обратно

Да. юзайте виртуалку.
Сеть NAT, доступ к usb\рашареным папкам не давать
VPN ставить тоже на виртуалку

самый просто вариант - подключить ВПН клиент на роутере и перенаправить нужные запросы к ВПН с него

насчет DNS - да, можно донять и свои ДНС, гайдов много и софта тоже

скорее всего вместо своих ДНС проще указать openNIC или cloudflare

правильно
если надо 3д - от 128м

Скачай drweb cureit и прогони