А не думали что в диск может упирается?
По идее для такого кол клиентов уже надо что то адекватное разворачивать, вместо rsync...
Точнее адекватное на сервере, NFS там или webdav
Возможно вместо rsync сможет помочь rclone, по крайне мере у меня клиенты в вебдав с помощью rclone ходят, вроде всё ок.. порядка 1000шт, правда не всегда одновременно