> Не каждый пользователь будет его устанавливать.
Кто еще не установил - тому стоит это сделать, MS даже через апдейт систему предлагает дотнет поставить. А еще фишка в том, что и программам на плюсах в подавляющем большинстве случаев приходится ставить райнтайм. Конечно, его dll-ки можно просто положить в папку с программой, но это плохой путь по ряду причин. Итого, и для шарпа и для плюсов нужно ставить "среду", единственное отличие - рантайм плюсов будет легче (правда сама прога, юзающая Qt и включающая его библиотеки будет значительно тяжелее).
> На сколько я знаю, на семерке "из коробки" стоит 3 версия фреймворка
Тройка - на Висте, на семерке - 3.5.
> Так что же лучше - использовать C# или посмотреть в сторону C++ и Qt?
Тут обычно гораздо важнее вопрос кроссплатформенности. Сейчас Mono обеспечивает только WinForms, т.е. того же WPF на никсах пока не видать (и видимо уже не увидим). Поэтому я сейчас безоговорочно выбрал бы Qt, если б делал десктоп-софтину не только для винды (в 2015 году лично я не могу относиться к функциональности и CPU-oriented архитектуре WinForms всерьез). Поэтому решение принять достаточно просто:
1) если у вас line of business-приложение (напр., очередная утилитка для расчета кредитных условий по продуктам банка) и windows-машины в парке - смело берем C#, WPF, и решаем поставленную задачу;
2) если у вас приложение для широкого круга лиц, и его интерфейс сложнее интерфейса перекодировщика WAV в MP3 - берем Qt, пишем код без и получаем приложение, которое запустится на большинстве десктопных машин, а не только на тех, где винда.
P.S.
1) безусловно, есть и более чем приличные коммерческие десктопные программы на шарпе, например очень удобный и навороченный референс-менеджер
Citavi, но я думаю её авторы просто приняли решение поддерживать только винду, и это их устраивает. Кроме того, они используют много сторонних платных GUI-контролов у себя в продукте.
2) реализовывать взаимодействие управляемого и нативного кода не так уж приятно, поэтому если ключевая библиотека реализована на плюсах, то и остальное приложение логично сделать нативным.