Как это вообще по уму делают?
составляют контракт, дают доступ к коду, получают результат, оплачивают, закрывают доступ к коду.
Если весь ваш стартап состоит из технологического ноу-хау, которое дает уникальное преимущество и легко копируется в новый продукт то странно что вы привлекаете фрилансеров для его разработки. Это должны быть внутренние разработчики - либо фаундеры либо команда.
Если ноу-хау нет, и стартап - настоящий то есть есть рынок, клиенты, проблема, стратегии развития и выхода на этот рынок, проработанная бизнесовая часть, и так далее и так далее, то тот факт что кто-то возьмет ваш код - не должен быть вам страшен, он мало что с ним может сделать.
Если ноу-хау нет никакого, бизнесовой части тоже особо нет, а есть только идея и вы боитесь что кто-то сопрет код и будет его "использовать", то видимо кроме этой идеи и кода у вас в стартапе нет особо ничего больше и это не стартап, а проект для души. Если кто-то из этой идеи сможет сделать реальный бизнес и обогнать вас в конкурентной борьбе - это будет не потому что он у вас код украл, а потому что он смог построить компанию и бизнес а вы - нет.
Ну и фрилансеры - кодеры обычно не способны такое сделать, а у тех кто способен - своих идет лет на 50 уже запасено, им ваш код нафиг не нужен.