В Windows в настройках Диска заходим на диск с другой системой и удаляем Букву диска, тогда он не будет виден в проводнике Винды.
В Ubuntu тоже есть такой пункт меню.
Ещё через реестр множество настроек имеется по скрытию дисков и доступов к ним, через администрирование и т.д.

- "Я правильно понимаю, чтобы выложить файлы в формате php, нужно создать какую-то базу данных?"

Нет, для работы php не требуется база данных, если это не определено в коде php

Просто копируйте все файлы из локального каталога, в рабочий каталог на сервере, если файл конфигурации настроен правильно, то все должно заработать.