В Windows в настройках Диска заходим на диск с другой системой и удаляем Букву диска, тогда он не будет виден в проводнике Винды.
В Ubuntu тоже есть такой пункт меню.
Ещё через реестр множество настроек имеется по скрытию дисков и доступов к ним, через администрирование и т.д.
