попытаюсь более человечнее написать =)
с файловой системой ни то ни другое никак не связаны. Просто приняли так, чтобы путь совпадал с namespace'ом, стандартизировали короче для удобства. Ну и свои плюсы имеются конечно же.
namespace это установка пространства имен. Скажем так - виртуальная коробочка, в которой лежат всякие штуки (классы). Это дает возможность использовать одинаковые названия классов для одного приложения.
use указывает какой класс из какого пространства имен использовать. Его можно не писать, но тогда придется вызывать классы вместе с их namespace (если у тех классов они заданы, если нет, то все равно надо указывать глобальное пространство "\").
типа: $customers = new \app\models\Customers();
а с use будет:
<?php
namespace app;
use app\models\Customers;
$customers = new Customers();
$imagick = new \Imagick(); // вызов из глобала. обратный слеш нужен когда указан какой-либо неймспейс для этого файла. Иначе попытается вызвать из текущего пространства, что приведет соотвественно к ошибке.
В мануале все четко расписано в принципе, читай и пытайся понять =)
