Здравствуйте)
Вукомерц прекрасно работает с N кол-вом товаров.
Начнем с простого....
Вы добавляете массово товары для вукомерца (прежде всего уточните плагин, которым вы это делаете) и файл, которым вы добавляете массово товар.
Я напрмиер, обычно добавляю товары обычным xls файлом при помощи плагина Wp All Import + Wp all import for Woocommercce.
И тут многое зависит от вашего сервера и рнр настроек. Обычно сильная нагрузка на сервер приходится, если вы добавляете товары, картинки которых загружаются извне.
Уточните у хостинг провайдера memory_limit (для вукомерца должен быть минимум 256). А если у вас хостинг в РФ, то большинство из провайдеров ограничивают до 128 мб. И тогда, как вы правильно заметили на сайте творится черт знает что...
Одним словом увеличьте на хостинге следующие параметры:
memory_limit
upload_max_size
post_max_size
max_execution_time
www.wpbeginner.com/wp-tutorials/how-to-increase-th...
Стоит также учесть кол-во inodes вашего тарифного плана. Может быть у вас просто лимит превышен.