С резервными копиями вы, наверное, ничего не сделаете, да. Но можно сделать с сайтом. Напишите скрипт, после запуска которого вместо главной страницы будет появляться надпись в стиле "разработчику не заплатили и бла-бла-бла" . Или который будет создавать пользователя с правами администратора и вы сможете делать на сайте все что угодно через админку (если она есть). После того, как доступ к хостингу вам закроют - запускаете скрипт. Восстанавливать каждый раз из резервной копии человек замучается. А если наймет другого программиста, чтобы тот разобрался в чем дело - то тот 10 раз подумает, стоит ли связываться и помогать человеку, который не заплатил предыдущему разработчику.
* я не уверен в законности такого способа :-D