В общем проблему решил, но частично.
Дело было вот в чем: в настройках проекта NetBeans -> "Дополнителные параметры веб конфигурации", я поставил по какой-то нагугленной инструкции значение "Не открывать веб-браузер", но как раз из-за этого и не работало, потому что, отладка запускается когда в строке адреса присутсвует параметр "?XDEBUG_SESSION_START=netbeans-xdebug", а когда не открывается браузер нет и никаких ссылок.
Обратил на это внимание прочитав
одну статью, за что добра ее автору.
В php.ini, в разделе xdebug оставил только
[Xdebug]
zend_extension="%sprogdir%/tests/xdebug/php_xdebug-2.3.2-5.6-vc11.dll"
xdebug.idekey = "netbeans-xdebug"
xdebug.remote_enable = 1
Осталась следующая задача: как сделать так, чтобы браузер не открывался каждый раз при запуске и остановке отладки.
Так что вопрос пока в силе)