а пользователи могли зайти на яндекс браузером и там работать с почтой если надо и мобильные приложения чтоб так же работали с серверов Яндекса.
Накуа?
Эксч недешев. И еще к нему лицензии нужны на подключение. И сертификат SAN-овский, чтобы OWA работало. Поэтому, обычно если мигрируют на эксч, то на него переходят полностью. У него есть своя вебморда - Outlook Web Access (OWA). Напоминает обычный Outlook. У него есть мобильный доступ - например Maildroid прекрасно с ним работает.
Windows конечно must die, но эксч свои задачи решает, если заморачиваться, иначе этого делать не стоит - дорого, долго, сложно.