создай обычный сервер на базе своего домена
Этого достаточно.
на таких серверах как мыло.ру и прочее, предоставляются все данные
Вы предоставите все данные соответствующим структурам в любом случае, если хотите вести бизнес в России :) Обсуждать вопрос "контора, которая шифруется от государства" имеет смысл. Если Вы понимаете все риски, конечно же.
Для корпоративного почтового клиента с хранением шифрованной почты достаточно собственного CA, выпускающего почтовые сертификаты, которыми шифруется почта. Для корпоративного файлообмена достаточно частного облака на synology, шифруемого тем же сертификатом, выпускаемым тем же корпоративным CA. Для общения через мессенджер нужно найти такой, который позволяет поставить свой сервер - Jabber например - работающий по https с сертификатом, опять же выпущенным корпоративным CA.
Но помните, что терморектальный криптоанализ вскрыввает любые ключи любой сложности.