На сегодня есть только один вариант безопасного входа: токен/сертификат, полученный при регистрации в системе с двухфактороной аутентификацией через PIN.
Но на сегодня это работает на ничтожном проценте от всех сайтов...
Если Вы хотите обезопасить свои пароли от кражи с Вашего ПК:
Обезопасить свои пароли от кражи с Вашего ПК какими-либо программами можно только с помощью "auth-session-wrapper".
Т.е. создаёте свой модифицирующий пакеты прокси и указывайте ему свои пароли к сервисам: связки "логин/пароль"->"URL","METHOD". Можете добавить USER-AGENT и/или другие заголовки браузера - по-вкусу.
И далее, обращаетесь к нему с другого ПК с передачей заголовков один-в-один/точь-в-точь этого (консольного) ПК при нажатии на кнопку LOGIN с пустыми полями. Получаете информацию о сессии, восстанавливаете на консольном и... Вы уже залогинены под своей учетной записью без ввода пароля на своём ПК.
Главное, чтобы ПК-враппер был в одной внутренней сети, что и консольный. Т.е. имел ТАКОЙ ЖЕ внешний IP-адрес, что и консольный. (т.к. в части случаев сессия бывает привязана к IP-адресу её инициатора)
Если же Вы сами строите закрытую зону, можно сделать по следующей схеме:
1. Вы жмете кнопку "Login" и система считывает текущий токен с вашего браузера/приложения, обновляет его.
2. Просит подтвердить ключом защиты: через другой канал (другой домен, SMS и прочее). Т.е. например, система может открыть окно к другому домену, где будет надпись: "Введите PIN на вход для сессии 31337". Например, 4 цифры: "4115"
3. После ввода - удалённый сервер сверяет связку полученную через два разных канала: ПИН+ТОКЕН+[временные интервалы/лимиты]
4. если все ОК - пускает в защищенную зону (ЛК и т.п.).
Дополню по теме: лучшая защита личного API от постороннего входа (со стороны сервера):
port knocking 
