Всё просто! Я думаю то, что вы сделаете, при условии, что руки у вас прямые, будет поддерживаться после вас. И разработчикам не придётся изучать ваш css код, что бы вставить еще одну колонку, изменить размер другой колонки сетки и т.д., т.к. с документацией Bootstrap многие уже знакомы, а те, кто нет, смогу её прочитать.
К тому же, они не просят вас полностью его использовать. Для описания общих вещей, почему бы нет. Использовать сетку, меню, пару плагинов и дело в шляпе.
Я лично его не использую. Для себя давно написал каркас, который всегда по мере надобности улучшаю. Но так же я использую некоторые плагины bootstrap. Модальные окна, выпадающий список и табы(вкладки). Все!
Просто выпилите все не нужное и оставьте то, чего требует проект. И заказчик доволен и вам проще