dogivberlogi, вы случайно на крон не поставили npm run watch? понимаете что watch не завершается и будет работать/следить, если команда на это настроена? естественно будут процы которые не завершаются
AlexAll, тогда топаем сначала в конфиг nginx, там будет путь примерно /var/www/project/api, нужно будет заменить на /var/www/project/api/web, перегружаем nginx, если не помогает, то топаем в апач
если так?