Veduk, хостинг проще, наверно действительно проще вам будет раскидать сайты на несколько акков и все, если один делает такую нагрузку, то от него уже идти, стоит ли он того чтоб нанять на час другой админа, чтоб он все по уму поставил
xmoonlight, не работают на всех страницах? или на главной работают, а дальше нет? т.е. может пути к этим файлам неправильно указали? желательно указывать от корня "/js/script.js" (ведущий слэш)
если совсем убрать .htaccess то каринки, скрипты работают? в верстке нет каких нибудь base на другой ресурс или папку?
если напрямую обратиться к таким файлам?