Как-то так:
Todo.update({
idUser: iduser,
iditem: {
$in: arraylist
}
}, { del: '+' }, { multi: true });
Воспользуйся оператором $in и прокинь туда весь массив, он обновит все записи id которых будет в arrayList, так же установи опцию multi - true, для того, чтобы обновить все документы.