Т.е. Вы хотите чтобы пользователю сайта каким-то образом отдавались стили, но при этом папка была закрыта от того, чтобы в ней ничего не могли посмотреть?
Я правильно понимаю?
Вы пробовали ее закрывать через .htaccess? =)
Отдельная папка уже хорошо =)
А пользователь ограничен ли хождению по папкам соседей?
А сайты все Ваши или нет? Это к вопросу про "файлы заливаются, работы проводятся в основном из под рута, потом просто owner меняется на того которому сайт принадлежит."
Разница есть, усугубит!