Вижу ваш вопрос как две задачи:
- избавиться от чужих агрегаторов и научиться самому работать с разными платежными системами напрямую
- научить мою одну точку оплаты работать с несколькими моими же точками продаж.
Если всё верно, то первый вопрос реализуется очень просто. Достаточно изучить пяток апи разных платежек. Могу поделиться своим вариантом (серверной частью) (сейчас его и перекраиваю из опыта использования
https://toster.ru/q/327212).
О второй части предлагаю подумать ещё раз. А надо ли оно? Если у вас будет универсальный код/модуль/плагин для оплаты, то что вам мешает раскидать его на разные сайты? Большинство платежный систем поддерживает "один договор/учетка и много магазинов".
Вводя дополнительные "пробрасывания/шифрования/и т.д." вы добавляете лишние звенья, увеличиваете шанс уязвимости, уменьшаете надежность системы в целом.