Пусть вас не вводит в заблуждение ^,$. В регулярных выражениях применяются ключи, для интерпретации многострочного поиска. Эти ключи корректно распознают многострочный текст. Поэтому не нужно указывать символ перевода строки и/или возврата каретки. Но если хочется их использовать, то нужно писать "/search[/n/r][/n/r]/", т.к. разные редакторы в разной последовательности используют эти символы. В конце концов и исходный файл со списком сайтов тоже можно представить в разных форматах, даже в XML, тогда ни регулярные выражения ни разбиения на массивы не помогут.
А про несколько пользователей ;) я почему-то так и подумал, что будет этот вопрос, но честно отвечу — не знаю. Таким образом, наверное, никак. Вы, наверное, бухгалтерию так настраиваете, а может даже 1С? Был такой случай, мозгового штурма не устраивал, но до сих пор лично я не вижу нормального решения.
